勃起障碍：他达那非与西地那非同属选择性5型磷酸二酯酶(PDE5)，但其结构与后者不同，高脂饮食不会干扰其吸收。性刺激作用下，阴茎神经末梢和血管内皮细胞中的一氧化氮合成酶(NOS)催化底物左旋精氨酸合成一氧化氮(NO)。NO激活鸟苷酸环化酶，后者使三磷酸鸟苷转化为环磷酸鸟苷( cGMP) ，从而激活环磷酸鸟苷依赖性蛋白激酶，导致平滑肌细胞内钙离子浓度下降，使阴茎海绵体平滑肌松弛而发生勃起。5型磷酸二酯酶(PDE5)降解cGMP成为无生理活性的产物，使阴茎转入疲软状态。他达那非通过抑制PDE5降解，导致cGMP积聚，使阴茎海绵体平滑肌松弛，导致阴茎勃起。由于硝酸酯类药物是NO供体，与他达那非合用后会显著增加cGMP水平而导致严重的低血压，因此，临床两者禁忌合并使用。

肺动脉高压：他达那非是、可逆、高选择性的磷酸二酯酶-5（PDE-5）抑制剂，通过NO/c GMP途径扩张肺血管，降低肺动脉压力。